در آن سالها سپاهان با اتکا به نسل طلایی خود با سردمداری محرم نویدکیا و هادی عقیلی به یکی از تیمهای سرشناس قاره کهن تبدیل شده بود. آنها در سال 2007 تا فینال آسیا هم پیش رفتند و در جام باشگاههای جهان شرکت کردند، اما روزهای سختی پیش روی طلاییپوشان دیار زایندهرود بود.
پس از کسب عنوان نایب قهرمانی آسیا سپاهان در 3 دوره پیاپی از صعود به مرحله حذفی لیگ قهرمانان آسیا بازماند، اما در سال 2011 عملکرد چشمگیری داشت و در حالی مقابل السد در مرحله یک چهارم نهایی به دلیل حضور غیرقانونی رحمان احمدی مقابل السد از سوی کنفدراسیون فوتبال آسیا بازنده اعلام شد که در دو بازی رفت و برگشت موفق شد این تیم را با نتیجه قابل توجه 5 بر یک شکست دهد. در ادامه مسابقات السد موفق به کسب قهرمانی شد تا سپاهانیها بیشتر به دلیل عدم اطلاع از دو کارته بودن رحمان احمدی در مقطع حضورش در پرسپولیس حسرت بخورند.
سپاهان سال 2012 هم تا مرحله یک چهارم نهایی آسیا صعود کرد، اما دوران افول این تیم آغاز شده بود. با این حال کسی حتی تصورش را هم نمیکرد که قدرت همیشگی فوتبال ایران به یکباره دچار سقوطی عجیب شود. شرایط سپاهان اینقدر بحرانی شد که آنها در لیگهای پانزدهم و هفدهم فصل را با رتبههای نازل یازدهمی و چهاردهمی تمام کردند.
نتیجه اینکه از سال 2012 تا سال 2023 سپاهان تنها 6 مرتبه موفق به حضور در رقابتهای لیگ قهرمانان آسیا شد و در این مدت حتی یکبار هم موفق به صعود از گروهش نشد.